至1930年5月，閩西黨組織得到較大發展，全區已有縣委6個、區委53個、特支19個、支部546個，黨員約1萬人；蘇維埃政權有縣蘇6個、區蘇62個、鄉蘇557個。7月，中共閩西第二次代表大會召開，大會接受和執行李立三“左”傾錯誤主張，隨后將黨團合并成立閩西總行動委員會，執行“左”的政策，使蘇區工作造成很大損失。11月，恢復并改組中共閩西特委，停止執行李立三“左”傾錯誤。12月，成立中共閩粵贛邊區特委，原閩西特委機關撤銷，閩西蘇區各縣委直屬閩粵贛邊區特委領導。1931年6月，閩粵贛邊區特委改為中共閩粵贛蘇區臨時省委；9月，贛南、閩西連成一片，閩西革命根據地成為中央革命根據地的重要組成部分。1932年3月，閩粵贛省委改為中共福建省委；全省召開第一次工農兵代表大會，成立福建省蘇維埃政府。但是，由于受到王明“左”傾教條主義的嚴重干擾，閩西革命根據地黨的組織建設和地方政權、經濟、文化建設遭到破壞，革命力量受到削弱。

1934年10月，主力紅軍長征后，留在閩西的地方干部、紅軍和游擊隊轉入深山密林，堅持游擊戰爭。1935年4月，閩西南軍政委員會成立，在張鼎丞、鄧子恢、譚震林等領導下，堅持了艱苦卓絕的三年游擊戰爭。1936年1月，黨的地方組織逐步恢復和建立，成立了龍巖、永定、上杭、巖南漳、巖永靖、永和靖、巖連寧、永埔等8個縣的軍政委員會，另有區委50余個，支部400個左右，黨員3000余人。

抗日戰爭爆發后，根據中共中央指示，于1937年10月成立中共閩粵贛邊省委，撤銷了閩西南軍政委員會。此時，閩西地方黨組織下轄的汀州工委、連城工委、龍巖縣委、永杭縣委、永和靖縣委，由省委直接領導，有支部90個，黨員3398人。在第二次國共合作的形勢下，閩西南紅軍游擊隊改編為新四軍二支隊，于1938年3月開赴皖南前線抗日。1938年6月，中共閩粵贛邊省委改稱為中共閩西南特委；1939年1月又改稱為中共閩西南潮梅特委。3月，特委機關從龍巖遷往廣東梅縣后，為了便于領導閩西南黨的組織，成立了中共閩西南分委。1940年冬，中共閩西南分委撤銷。1941年1月，重新選舉產生了中共閩西特委。同月，閩西國民黨頑固派策劃了“閩西事變”，閩西地方黨組織被迫轉移上山隱蔽活動。1942年6月，由于發生“南委事件”，形勢惡化，南委機關撤退轉移。10月，根據南委的指示，開展“勤職、勤學、勤交友”的三勤活動，并繼續貫徹執行“隱蔽精干，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的十六字方針，將特委、縣委委員會制改為特派員制，黨員分散進入偏僻山區，開展生產自給運動。1943年10月，中共閩粵邊委（下轄中共閩西特委等3個特委和大埔中心縣委）作出“恢復武裝自衛，解決經濟困難”的決定后，閩西地方黨組織逐步得到恢復，這時轄有永和埔、杭永、龍巖等縣縣委。