南普院寺坐北朝南，依山面海而建，規模宏大，氣勢莊嚴，中軸線主建筑為天王殿、大雄寶?、樂途殿、大悲殿、藏經閣；其中，天王殿位于寺院中軸線的最前端前殿正中供奉笑容可掬的彌勒佛，兩側立有怒目環視的四大天王，殿后有韋陀菩薩覆掌按杵而立，威武異常。

南普陀寺的殿堂樓院隨分散建于地形復雜的山坡上，又以其實際使用不同，各具形式。

游覽完寺廟，就要去爬后山的五老峰，五老峰古名為五老山，位于南普陀寺后面五個山頭，海拔185米，因為自西向東五座山峰凌空而立，遠望如五位老髯面天盤座，叢樹若須，云霧似袖，故名“五老凌霄”，是清朝評定廈門八大景之一。