其次，為對抗藍營急需智庫提供政治論述。民進黨上臺后，為擠壓藍營生存空間，擺脫泛藍勢力對陳水扁當局的強力制衡，綠營對智庫政策建言的需求極為迫切。包括“臺灣社”、“臺灣管理學會”在內的大部分綠營智庫都在這一時期創建。民進黨下臺后，綠營則以智庫為陣地，凝聚前政務官、中生代，網羅人才，加強政策論述，攻擊藍營施政，為東山再起做準備。2008年政黨輪替后成立的“綠色逗陣工作室”、“二次黨外論壇”等泛綠智庫抹黑馬當局政策，謝長廷透過“臺灣維新基金會”發掙“養才”功能，力拼明年的“直轄”市長選戰。

再次，綠營為推行“臺獨”、對抗大陸政策，必須倚重智庫建言。民進黨上臺后，大陸持續釋放緩和兩岸關系的善意及對臺利好政策，加大了民進黨調整大陸政策的壓力。綠營大規模擴張智庫，借助智庫的政策建言，為其“臺獨”施政出謀劃策。如“臺灣綜合研究院”成立負責“國際關系與戰略”的第四所，為陳水扁當局的“金援外交”、“烽火外交”極力背書。2008年綠營成立“臺灣新社會智庫”，延攬前“陸委會副主委”邱太三、前“國安會咨詢委員”陳文政等曾經負責兩岸事務的資深人士，規劃民進黨的兩岸政策論述，因應兩岸關系發展新形勢。

綠營智庫的影響

綠營智庫對島內民意、藍營施政及兩岸關系和平發展造成負面影響。

首先，綠營智庫的報告言論助長“臺獨”民意。綠營智庫在陳水扁當局支持下，大力鼓吹“臺獨”理念，煽動“臺灣主體意識”、“悲情意識”，弱化部分民眾的“中國認同”，導致“臺獨”意識惡性膨脹。