第一，滯后的人員編制管理帶來了事業單位工作人員新的身份歧視。2002年以來，隨著事業單位人員聘用制度的推行，干部與工人的身份意識逐步得到淡化，但一種新的身份意識――“編內”與“編外”人員的身份差異意識卻在日益強化。由于編制管理改革沒有與事業單位人事制度改革同步進行，編制問題已經成為制造就業歧視的主要理由。一般而言，“編內”人員享有體制內的一切基本保障和各種應有的待遇，而“編外”人員卻無法享受與“編內”人員同等的基本保障和待遇，在工資報酬、職業發展、社會保障等方面與“編內”人員嚴重不平等，導致個別單位甚至將進入“編內”作為對優秀“編外”人員的一種獎勵。“編內”與“編外”已經成為事業單位工作人員的一種新的身份標志，“編內”人員意味著進入保險箱，“編外”人員意味著臨時和流動，這對“編外”人員就業造成了新的不公平。

第二，滯后的人員編制管理對深入推進事業單位人事制度改革造成了極大困難。由于編制管理滯后，改革中產生了許多問題和矛盾。在崗位設置方面，如何解決工作所需的“編外”人員定崗，已經成為設崗工作的一大難題；在人員聘用方面，由于編制額的限制，許多單位合理的人員招聘受到限制；在工資報酬上，“編內”與“編外”人員同崗不同酬的現象十分普遍，有的同崗不同酬的差別達到了1倍甚至數倍，內部職工福利待遇也有差異；在合同簽訂方面，“編外”人員合同簽訂極不規范，甚至不予簽訂合同，給規范用人，保障勞動者合法權益帶來很大困難；在職業發展方面，有的單位對“編外”人員設置許多發展限制，不考慮提職普升和職稱評定，等等。這些問題已經嚴重妨礙了事業單位人事制度改革的順利進行。

第三，滯后的人員編制管理可能影響到事業單位社會養老保障制度的順利實施，引發新的社會不公平。目前，事業單位工作人員社會養老保險制度改革試點正在啟動。試點過程中將不可避免地面臨如何解決事業單位眾多“編外”人員養老保險的問題。這其中如“編外”人員是否適用養老保險政策、單位是否為“編外”人員繳費、“編外”人員個人養老金依據什么計算等問題。由于許多單位對編制內外人員實行區別管理和差別管理，因此，能否在養老保險政策上一視同仁，將是一個不可忽視的社會公平和基本民生問題。此外，由于因編制所產生的待遇差異問題，還不時引發上訪事件。

面對如此困境，事業單位人員編制管理必須作出調整與改革，以適應社會事業發展，促進人事制度改革，從而服務社會公共服務這個大事業。

事業單位人員編制改革既面臨編制需要合理增加，又面臨編制需要合理減少的問題。如一方面，隨著城鄉一體化的推進和外來務工人員的不斷增加，大多數沿海農村醫療衛生機構業務量急劇增長，但人員編制卻沒有得到及時擴充，致使農村醫療衛生工作不能適應新形勢需要。沒有空編，無法招聘人員；因為缺編，被迫普遍采取留用退休人員或者招收臨時人員。另一方面，隨著《公務員法》的出臺，行政編制收緊，事業單位編制成為緊俏“商品”，因而成為某些公權力掌握者權力尋租、違規用人的腐敗溫床。人情戶、關系戶等違規超編進人現象經常發生。

因此，加快推進現有事業單位人員編制管理改革可以選擇以下兩個方案：

一是逐步取消事業單位人員編制管理制度。這是一個制度性的革命改革方案。這需要解放思想，改變傳統思維模式，對事業單位的財政供養體制從以“養人為主”逐步變為以“養事為主”，人員規模不與“編制”掛鉤，而與“事業”掛鉤。當然，這一方案改變巨大，需要從全局進行統籌考慮。

二是改變傳統編制管理方式，建立動態化的人員編制管理機制。這是一個在現有管理體制下的調整改革方案。這一方案要求編制主管部門拋棄原有僵化簡單的編制管理手段，充分考慮不同行業特點，不同地區面積及社會經濟發展水平，不同層級服務人口等多種因素，將其進行綜合分析評估，并引進當代先進的數量統計模型和技術，綜合科學地確定人員編制需求總量，并建立常態化的動態調節機制，適時調整和優化事業單位人力資源分布，使人員編制管理有利于而不是阻礙事業單位人事制度改革，促進社會公共事業發展。