到3月中旬，雙方在鐵路管理的基本原則方面仍然存在較大差距。軍管與鐵路行政合而為一是戰時提高鐵路運輸效率的有效辦法，而鐵路軍管局則是中朝聯合實行軍管的具體組織形式。對此，朝方不便直接提出反對，而是自行成立了軍事交通局，對鐵路進行控制，還恢復了原管理局機構管界和部分工作（交通省21號令），實際上削弱和限制了軍管局，使其無法完全行使職權。為了盡快達成協議，周恩來做了妥協，除堅持“在聯司指揮下設雙方統一的軍管司令部，統一進行搶修護路及調度車運”外，同意“在目前作戰時期，朝鮮鐵路行政仍需朝鮮交通相管轄”。對于中方的這個讓步，金日成表示基本同意。然而，在中方代表與朝鮮交通相樸義完逐項談判時，朝方又提出了進一步要求：除鐵路行政系統仍歸交通省領導外，一、軍管局僅負責制定計劃，其作用只是對鐵路運輸進行檢查和監督；二、鐵路搶修工作另成立聯合機構，委托交通省領導。這實際上等于取消了已經建立的中朝聯合軍管機構。

鑒于朝方在談判中反復不定，雙方基本想法差距太大，中方代表深感問題復雜，關系重大，即使形成紙上協議，也難以改變實際狀況，以至要求再派“有威望的得力干部來此慢慢談判”。

彭德懷亦無可奈何，提出將交通省的意見呈金日成，由雙方政府出面解決，只求朝方能“確保軍運如數完成，確定鐵路管理和運輸的具體辦法”。[NextPage]隨后，針對朝方的三項原則，即鐵路行政隸屬朝交通省；成立中正朝副的聯合軍運司令部；成立中正朝副的統一鐵道兵團司令部（即中方所說搶修司令部），高崗提出五點商榷意見：一、堅持對朝鮮鐵路的軍管制度，但可實行軍事代表制，在聯運司下設各級軍事代表，中正朝副，軍事代表對一切軍運有最后決定權。二、聯運司設沈陽，派總代表駐朝交通省，監督軍運計劃執行。三、要求朝方保證聯運司與其總代表及各級軍事代表間電話暢通。四、成立統一搶修司令部，受聯運司領導，同時受朝交通相及聯運司指導。五、在朝中國員工受朝鐵路局領導，其政治工作則受中國軍事代表直接領導。葉、張、彭據此與朝交通相再次談判。除對搶修司令部領導權的歸屬問題尚未明確表態外，朝方基本接受了高崗的五點意見，但要求確定朝交通省對其所屬各鐵路管理局行使管轄權。關于運輸問題，朝方同意原則上全部通車，由聯運司審核批準軍用物資和國民經濟所需物資的運輸比例。至于交通省及其所屬各管理局，朝方請中國派人任副職。雙方商定，將談判記錄整理簽字后，呈報各自政府批準。得此情況后，周恩來一方面要求中方代表最好爭取能在記錄中列入有關聯合搶修司令部領導權的內容，一方面也只得同意葉、張、彭在記錄上簽字，并將全文帶回北京。恰在此時，莫斯科的意見到來，扭轉了局面。