民進黨內在形式上并不缺乏相關的黨紀規章和監督機制。民進黨的黨章就規定，“各級組織之決議、活動有違背黨章或本黨之政策者，中央黨部得予以公開譴責、撤銷該決議或活動、撤銷該組織之處分”；“黨員之言行有違背黨章、決議或破壞本黨名譽之情事者，本黨得予評議并裁決適當之處分”。從組織機構上看，民進黨設有“中央執行委員會”和“中央評議委員會”，根據黨章規定，“中評會”的職權包括“黨員及各級組織獎懲之決定”，“中執會”的職權包括“審查獎懲之提案”。在懲處違紀的程序上，民進黨黨章也有規定，“有關各級組織之懲罰事項，由中執會提案，移送中評會議決。但中評會建請中執會調查之案件，中執會若未于三十日內提案，中評會得徑行議決”。除了在黨內具有最高效力的黨章之外，民進黨還有“紀律評議裁決條例”對黨員的違紀行為進行具體規范。但是，這些制度并沒有能夠有效規范和約束民進黨上臺以來的種種貪腐行為。

民進黨上臺以前從未體嘗過權力的滋味，在2000年的選舉中意外獲得執政地位后，一直到今天，黨內都還未能建立起有效分配和監督權力的機制。在以權力為中心的思維下，迅速形成了陳水扁一人獨攬黨政軍大權的態勢，民進黨的各種制度、規章在陳水扁的面前形同虛設，甚至多次出現因應陳水扁一人之需而修改黨章的情況。在意識到陳水扁的權力高于一切的情況下，陳水扁的家庭成員和親信、民進黨內的政治人物、親近民進黨的政治投機者就很自然地唯陳水扁的馬首是瞻，而并不在意民進黨的各種制度、規章。在他們看來，只要陳水扁在民進黨內還掌控著最高權力，他們只要能夠維系同陳水扁的特殊關系，即使有貪腐行為，民進黨的黨紀部門也會因陳水扁而噤若寒蟬，不敢對他們進行懲處，他們貪腐的成本因此大幅減小，風險也大大降低，更加刺激了他們的貪腐行為。在“臺開弊案”、“SOGO禮券案”、“公務機要費案”等弊案被媒體爆出之前，民進黨的黨紀部門對這些涉案者的違紀行為并不知曉，即使在弊案爆出和被起訴之后，無論是停權、移送“廉政委員會”、退黨或民進黨對他們開除黨籍也只是一種“事后諸葛”的處理。實際上，在維護執政地位的現實政治考量下，民進黨的幾乎所有運作和功能都不得不以維護陳水扁的權位為最高目標，與陳水扁關系密切人士的貪腐行為則被刻意掩蓋或忽視，即使在圍繞陳水扁的親信、“第一家庭”的弊案頻發的時候，民進黨也不得不表示要“鞏固領導中心”，從而付出損耗“清廉”形象，被認定是“貪腐政黨”的政治代價。